Den Wandel der Religionen in der Geschichte habe ich mit den Kulten, Göttern und Religionen versucht zumindest ansatzweise nachzubilden. Da gab und gibt es so viele Varianten, dass es unmöglich ist, mehr als einen Bruchteil darzustellen.
Im Spiel verhält es sich so, dass wenn ein Kult, Gott oder eine Religion als Staatsreligion ausgerufen wird, sich spontan eine gewisse Menge der Bevölkerung (pro Stadt) zu dieser Staatsreligion bekehrt. Die religiösen Gebäude der Stadt konvertieren dann pro Runde weitere Teile der Bevölkerung zur Staatsreligion. Die Teile der Bevölkerung, die (noch) nicht der Staatsreligion angehören, sind eher unzufrieden. Ihr solltet die Staatsreligion nicht wechseln wenn ihr Städte habt, die sowieso schon recht unzufrieden sind.
Wenn ihr durch die Forschung neue Staatsreligionen freischaltet (z.B. durch Erforschung von Theologie die Götter), so wird eure alte Staatsreligion (in dem Fall der Kult) gelöscht und ihr müsst einen der Götter als Staatsreligion einsetzen. Tut ihr das nicht, so ist eure gesammte Bevölkerung unzufrieden. Aber auch wenn ihr einen Gott (oder im Mittelalter eine Religion) einsetzt, werden Teile eurer Bevölkerung andere Götter oder Religionen bevorzugen und unzufrieden sein. Diese Aktionen sollten also gut vorbereitet sein, sonst könnt ihr euer Volk leich ins Chaos stürzen.
Übrigens findet der Wechsel nicht erst bei der Auswertung statt, sondern sofort wenn ihr im Spiel einen anderen Gott einsetzt. Also erst überlegen und dann nur einmal klicken. Sonst bekehrt ihr mit jedem Klick einen Teil eurer Bevölkerung zu einem anderen Gott und kämpft rundenlang mit der Unzufriedenheit.